События сериала «Карантин» разворачиваются в Атланте – крупнейшем городе в штате Джорджия, где в одной из больниц было зарегистрировано неизвестно заболевание, своими симптомами напоминающее грипп, приводящее в течение короткого времени к ужасным осложнениям и смерти. Заразившейся оказывается доктор Сандерс, которая осматривала сирийского пациента с признаками острого респираторного заболевания.
Не в силах понять, что убивает молодого врача, боясь распространения смертельного заболевания, власти принимают решение установить карантин в ближайших к месту заражения районах. Тысячи жителей города без предупреждения оказываются отрезанными не только от внешнего мира, но и от близких людей.
С каждым днём регистрируя новые случаи заражения, принимающие вид эпидемии, видя отчаянье и агрессивный настрой попавшего в карантин населения, высшее руководство принимают решение, любым путём не допустить бегства людей с зараженной территории. Появление спецотрядов внутренних войск не дает ожидаемого эффекта и пока ведущие научные сотрудники и высококвалифицированные врачи пытаются найти причины возникновения и способы борьбы со смертоносной инфекцией, ситуация внутри ограждённого периметра начинает выходить из-под контроля.