Экипаж эсминца ВМС США «Натан Джеймс» с двумя первоклассными микробиологами на борту долгое время находился в море с важной миссией. Благодаря этой вынужденной изоляции от остального мира команда корабля избежала заражения смертельным вирусом, который вырезал больше половины населения земного шара. Когда эта новость достигла корабля, среди членов экипажа стала нарастать паника.
Во 2 сезоне сериала «Последний корабль» авторитет капитана Тома Чандлера начал стремительно падать, а число конфликтов — неумолимо расти. Проблема в том, что о вирусе ничего толком не известно. А тут еще на корабле появились те, кто решил, что именно они были оставлены богом, что бы взять власть в свои руки и править всем миром. К тому же выяснилось, что вирусологи оказались на борту корабля совсем не случайно.